Beaucoup de rumeurs courent sur la toxicité de la pâte FIMO[réf. nécessaire]. En parcourant les forums on découvre des allégations sur cette toxicité qui s'appuient sur des observations sans fondement scientifique. Par exemple, ça sent mauvais donc c'est toxique, c'est un dérivé du pétrole donc c'est toxique, c'est toxique donc c'est cancérigène. Il est bon de souligner que l'odeur et toxicité n'ont pas de lien direct, bon nombre de produits dangereux sont inodores et vice versa.
La pâte FIMO est un PVC et contiendrait des phtalates[réf. nécessaire], qui sont soupçonnés d'entraîner, entre autres, des troubles de la fertilité. Suivant les couleurs, les additifs sont différents et certaines couleurs peuvent poser des problèmes d'allergie comme par exemple le cobalt utilisé pour la couleur bleue.
En tout état de cause il convient d'être prudent et d'adopter le principe de précaution sans succomber à la psychose (liste non exhaustive) :
Pas de manipulation par des enfants susceptibles d'en ingérer.
Utiliser des récipients et ustensiles dédiés.
Se laver précautionneusement les mains après manipulation.
Utilisation d'un four dédié.
Faire cuire la pâte dans un local aéré.
Aérer le four après utilisation.
Réfléchir à l'utilisation finale des objets confectionnés.
Respecter les consignes d'utilisations données par le fabricant.